Isla Mujeres heeft een tropisch klimaat met het hele jaar door warme temperaturen, gemiddeld tussen 24°C-32°C. Het eiland kent twee hoofdseizoenen:
- Droog seizoen (december tot april): Warm, zonnig en perfect om te zwemmen, snorkelen en rond te kijken. Dit is de beste tijd om het eiland te bezoeken, als je het niet erg vindt dat het druk is.
- Nat seizoen (mei tot oktober): Heter, vochtiger, met af en toe een tropische bui en minder drukte. De regen kan ook van invloed zijn op je plannen om te gaan snorkelen.