Isla Mujeres gode di un clima tropicale con temperature calde tutto l'anno, in media tra i 75°F e i 90°F (24°C-32°C). L'isola vive due stagioni principali:
- Stagionale secca (da dicembre ad aprile): Caldo, sole e perfetto per nuotare, fare snorkeling e visitare la città. Questo è il periodo migliore per visitare l'isola, se ti va bene che sia più affollata.
- Stagionale (da maggio a ottobre): Più caldo, più umido, con occasionali rovesci tropicali e meno folla. Le piogge possono avere un impatto anche sui tuoi piani di snorkeling.