Isla Mujeres jouit d'un climat tropical avec des températures chaudes tout au long de l'année, comprises en moyenne entre 75°F et 90°F (24°C-32°C). L'île connaît deux saisons principales :
- Saison sèche (décembre à avril) : Chaud, ensoleillé et parfait pour nager, faire du tuba et visiter. C'est la meilleure période pour visiter l'île, si vous acceptez qu'elle soit plus fréquentée.
- Saison humide (mai à octobre) : Plus chaud, plus humide, avec des averses tropicales occasionnelles et moins de monde. Les pluies peuvent également avoir un impact sur vos projets de tuba.